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对于“营改增”后，过渡期存在的涉税问题，对施工企业影响较大，需要重点关注。关键涉税问题包括：
(1)过渡期老项目的征收方式 如果是缴纳营业税，还是实行增值税简易征收，征收率3%，还是不设过渡期，直接按照增值税现行制度征收;
(2)变更索赔如何处理问题 变更索赔是在工程项目施工过程中随时发生的，其发生时间及金额具有不确定性，那么在“营改增”后签订的变更索赔合同，如何纳税，如何提前进行筹划是需要重点关注的问题。
(3)超验欠验涉税问题 目前施工企业存在业主超验或欠验事项，根据增值税计税原理及目前建筑业营业税的征收管理，若建筑业“营改增”后，以业主批复的验工计价时点作为增值税的纳税义务发生时间，如果施工过程中发生业主超验，将导致纳税义务时间提前，而与进项税额不匹配，“营改增”以后发生的进项税额可能无法充分抵扣;如果施工过程中发生业主欠验，应税服务完成但是却未缴纳相应税金，可能会存在涉税风险，而且，“营改增”以后，根据过渡期政策的不同，欠验部分税负也会受到影响。
(4)已完工未结算工程款问题 工程项目一般点多、线长、面广，施工期一般持续时间较长，办理结算时间也较长，往往在工程结束后很长一段时间内都无法及时结算工程款项，对企业的资金和 “营改增”过渡期的税负都会产生影响。 已完工未结算的收尾清算项目在“营改增”后如果按照增值税计税，则存在增加的计价款只有销项税额，无进项税额可以抵扣的现象。
(5)未交营业税问题 目前，施工企业部分项目存在欠缴营业税的情况，且金额比较大。主要原因有：业主未及时代扣代缴、税务机关要求延后缴纳等。 增值税的主管税务机关是国家税务局，营业税的主管税务机关是地方税务局，“营改增”后可能面临地方税务局要求清缴之前未缴纳的营业税，导致集团公司及所属单位产生巨大资金压力。
(6)过渡期合理安排设备采购计划 建筑企业存在大量的以前年度购置机器设备等存量资产，绝对金额较大，占资产总额的比例较大，在“营改增”后，存量资产的抵扣政策将会很大程度上影响企业的税负。 如果“营改增”前购置的设备无法抵扣进项税额，但对于其产生的经营收入按照增值税有关政策规定按适用税率征收增值税，造成企业进销项税不匹配，这无疑会增加企业未来的税负，对企业生产经营产生重大不利影响。 针对存量资产可能无法抵扣的情况，目前采购计划应当尽量延后以规避未来进项税额的流失，对于工程需求不得不提前购买的设备，在符合增值税规定的前提下建议延后取得增值税专用发票或采用租赁的方式运作，以解决因提前购买设备产生的进项税额抵扣问题。
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