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合同是税务规划管理中很重要的一环，对于营改增后，发票的获取程度直接影响到增值税的负担情况。因此，在合同中对相关发票条款进行约定显得尤为重要。
(一)明确按规定提供发票的义务
《发票管理办法》第二十条规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票;特殊情况下，由付款方向收款方开具发票。
企业向供应商(承包商)采购货物或提供劳务，应当在合同中明确供应商(承包商)按规定提供发票的义务。
(二)明确提供发票的时间要求
购买、销售货物或提供劳务，有不同的结算方式，企业在采购接受时，必须结合自身的情况，在合同中明确结算方式，并明确供应商(承包商)提供发票的时间。可以更大程度保证企业自身利益，避免纠纷(如先款还是先票的问题)。
在增值税一般计税方法下，由于存在增值税专用发票抵扣的问题，因此，一般建议企业掌握好取票进度。企业可在合同中明确提供发票的时间如按进度等，但供应商(承包商)在开具发票时必须先通知企业，并在验证发票符合规定后方付款。
(三)明确提供发票类型、税率的要求
同一税种可能存在多种税目，各税目的税率差别也较大。供应商(承包商)在开具发票时，为了减轻自己的税负，可能会开具低税率的发票，甚至提供与实际业务不符的发票。
在营改增后，主要的矛盾是承包方可能存在采取一般计税方法、简易计税方法、小规模纳税人征税率等方式的不同。如果仅是在合同中约定“合规发票”则有可能不能最大程度地取得增值税专用发票，相关的进项税额不能有效抵扣。
因此，有必要在合同中明确供应商(承包商)提供发票的类型和适用税率。比如在建筑承包合同中可以约定对方需要提供“税率为11%的建筑服务增值税专用发票”。
当然，也可以采取按不含税价签订合同，这需要企业对营改增后的计价方式有比较充分的熟悉、了解。
(四)明确发票不符合规定所导致的赔偿责任
企业采购时不能取得发票，或者取得的发票不符合规定都会导致企业的损失。为防止发票问题所导致的损失，企业在采购合同中应当明确供应商(承包商)对发票问题的赔偿责任，明确以下内容：
1、明确因供应商(承包商)不及时提供、交付发票或提供的发票不符合规定而造成本企业损失的，供应商(承包商)负有民事赔偿责任的规定。
2、明确企业因供应商(承包商)提供的发票而被税务机关调查，供应商(承包商)有协助配合企业做好调查、解释、说明工作的义务。
3、明确若存在退货退款、返利、折让等事项，供应商(承包商)应提供证明和开具红字专用发票的义务。
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